Il patrimonio della Fondazione è gestito in conformità agli indirizzi dettati dal Consiglio Generale rispettando criteri prudenziali e di diversificazione del rischio, con l'obiettivo di preservare nel lungo periodo il suo valore e generare una redditività tale da assicurare risorse finanziarie adeguate per il raggiungimento degli scopi statutari. 
Ripartito tra Fondo di dotazione, Riserva da rivalutazioni e plusvalenze, Riserva obbligatoria e Riserva per l'integrità del patrimonio, il patrimonio netto della Fondazione al 31 dicembre 2011 ammonta a 1,319 miliardi di euro ed è il risultato di progressivi incrementi: rispetto al 1992 l'incremento del patrimonio è stato del 362% circa.  
Gli investimenti a medio lungo termine al 31 dicembre 2011 rappresentano circa il 79% degli investimenti, mentre il restante 21% è dato da investimenti a breve termine quali gli strumenti finanziari non immobilizzati e la liquidità.
Dal 2003 una parte del patrimonio è destinata a iniziative che contribuiscono al perseguimento delle finalità istituzionali e che, al contempo, sono funzionali allo sviluppo del territorio, fermo restando un adeguato ritorno reddittuale. Si tratta dei cosiddetti investimenti per lo sviluppo del territorio, che negli ultimi anni sempre più Fondazioni stanno sperimentando, per il raggiungimento dei propri fini istituzionali. Nel 2011, quelli della Fondazione ammontano complessivamente a 60 milioni di euro, altri investimenti sono in via di definizione ed ulteriori impegni assunti sono in attesa di essere richiamati. 
Tra i ricavi del 2011, la voce più consistente è rappresentata dai dividendi che ammontano a 54 milioni di euro.
Il peso dei dividendi da Conferitarie sul totale dei Ricavi è del 14,2%, in particolare quello di B.R.E.Banca è del 10,2%.  

Dalla gestione del patrimonio, dedotti i costi di funzionamento, le imposte e gli accantonamenti obbligatori, derivano le risorse per le erogazioni della Fondazione.  
Le erogazioni di ogni anno dipendono dall'avanzo dell'esercizio precedente, quindi le risorse erogative distribuite nel 2012 derivano dal Bilancio al 31 dicembre 2011, chiusosi con un avanzo di oltre 30 milioni di euro. 
Da questo risultato, al netto dei già citati accantonamenti e di quanto destinato al Fondo per il Volontariato, deriva la cifra destinata all'attività d'istituto per il 2012: oltre 18 milioni di euro, di cui oltre 500 mila destinati alla Fondazione con il Sud.